Presidium GKIA saat ini terdiri dari 6 lembaga yang dipilih oleh anggota pada bulan Maret 2015 sampai tahun 2020 yaitu Muhammadiyah, Yayasan Sayangi Tunas Cilik, WVI, PKBI, Pelkesi dan Perinasia.

Presidium GKIA merupakan pengambil keputusan tertinggi yang dilakukan secara kolektif kolegial. Pengambilan keputusan minimal disepakati oleh 4 dari 6 lembaga.

Koordinator GKIA untuk tahun 2017 adalah Muhammadiyah, untuk selanjutnya akan digilir diantara anggota presidium.

Sekretariat adalah Yayasan Sayangi Tunas Cilik sampai dengan tahun 2020.

Anggota Presidium adalah seseorang yang ditunjuk oleh organisasi secara resmi.